六条壬晴是个对周遭的人、事、物都漠不关心的少年，但他的体内却隐藏着忍者的世界「隐世」最强的秘术「森罗万象」。为了夺取这种无与伦比的力量，源自伊贺忍者的“灰狼众”全体出动，誓言要将壬晴带回伊贺之里。另一方面，壬晴的英语教师云平与壬晴的同学虹一都是万天之里的忍者，他们的任务就是保护壬晴的安全。一场「森罗万象」的争夺战将各方忍者卷入其中，壬晴若想恢复独善其身的生活，唯一的办法就是成为隐之王。于是他被迫走进隐世，迎向未知的挑战……

日本战国时期，分属不同大名的忍者集团也在暗处进行着角力。在一个月朗星稀的夜晚，伊贺忍者耶麻汰、阵内、老鼠等人执行刺探任务时意外与对手相碰，期间天空中忽然飘过一个巨大的火球，令众人颇感意外。耶麻汰等回到村中后，在首领的指示下又去森林中探查火球的真相。途中他们邂逅同属一派的凛林及其同伴，众人结伴同行。结果在密林中，伊贺忍者们遭到不明生物的袭击。对方敏捷迅速，杀伤力巨大，忍者们接二连三遇害。耶麻汰、阵内、凛林等人虽侥幸逃出，殊不知来自外星的异型正大肆繁衍。