阿尔塞是一名保镖，在哥哥去世后他得知哥哥的死并非意外。为了寻求真正的杀人犯，阿尔塞开始了艰难的查询工作，随着调查的步步深入，对哥哥之死负有责任的并非一人，他们权高位重，阿尔塞最终能将凶手绳之以法吗？

故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。