影片讲述了赖瑞经过第一集的博物馆奇遇后， 以自己名字为品牌的手电筒赚了不少钱，衣食无忧，但心底总是有一点失落感，同时博物馆发生了一件大事，促使赖瑞再次回到了博物馆，继续奇妙之旅。

当年在努布拉岛营建侏罗纪公园时，约翰•哈蒙德曾把附近的索纳岛作为恐龙的制造工场。侏罗纪公园沦陷后，索纳岛上的恐龙在完全隔绝且缺少必要合成元素的情况下生存了4年时间。哈蒙德对此颇感好奇，他重新找到马科姆博士，邀请他前往小岛考察。4年前经历让马科姆心有余悸，他断然拒绝哈蒙德的提议，但当得知女友莎拉已前往小岛之时，只得跟随探险队整装出发。