继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。

萌宝战警因一个恐龙蛋的到来开启了全新任务。古生物的复活引来了黑暗势力的争夺，在保护小恐龙的过程中，意外发现了其它恐龙蛋以及恐龙DNA的秘密。经改造，萌宝战警分别拥有了自己的机甲恐龙，危机时，与他们并肩作战。而想要夺取恐龙DNA，从而统治宇宙的反派也蠢蠢欲动，一场DNA存储卡的争夺愈演愈烈......

伟大的神明创造大地。当大地成熟，凡人夺取了它。巨兽为之暴怒，吞噬凡人。为了对抗巨兽，凡人求助于神明。这是剑的时代，英雄的时代，神话的时代。 “巨兽”在世界上大肆破坏，而凡人狩猎巨兽，加以解剖并利用，以此繁荣兴盛。“没死成的吉洛”靠狩猎巨兽赚钱度日，他偶然遇见了被追捕的 “第22号的库米”。为了救她，吉洛抛下往日的哀伤挺身而出。人类帝国的谋划，神秘的实验，进逼的巨兽。向着那约定的时刻，吉洛一行人开始追寻世界的秘密——

一艘正在寻找不明潜水器的军用船只发现自己与一只巨大的鲨鱼面对面，他们被迫只使用船上的东西来保护自己不受这只巨兽的伤害。

巨石强森饰演的灵长类动物学家一直与人类保持距离, 却跟极为聪明的银背大猩猩乔治有着深厚的感情。但是一次基因实验出错, 让这只温驯的大猩猩变成狂怒难驯的庞然巨兽。更可怕的是, 其他动物也发生了同样基因异变。他必须阻止这场全球性的灾难, 更重要是要拯救他的好友乔治。