地球与殖民地的战斗于殖民后196年结束。除五飞外，希罗等四位高达驾驶员决心把敢达送往太阳丢弃，然而统一的地球圈再次被人类的欲望所吞噬，战乱再一次燃起。巴顿财团利用前OZ统帅托雷斯之女玛丽梅雅作傀儡领袖成立军队，以新建之殖民地X18999为基地，同时绑架担任地球外交官的莉莉娜作人质，企图实行第二次流星作战。希罗等人进入殖民地化解危机，并把即将被送入太阳的敢达取回作战。

莉娜是一名生物学家，一年前，她的丈夫凯恩在参加一项秘密任务后神秘失踪，这一年间，莉娜一直生活在悲伤之中。某天，失忆的凯恩忽然出现在了莉娜的面前，之后晕倒被送入了医院。在那里，莉娜遇见了文崔斯博士。博士告诉莉娜，凯恩被派往了一块被“闪光”笼罩的未知区域，三年间，无数的队伍被派往区域内进行勘探，只有凯恩一人活着回来了。不仅如此，“闪光”正在不断的扩大。为了查明事情的真相，莉娜自愿加入了下一批被派遣的队伍之中，和她一同前往的，除了文崔斯博士外，还有安雅和乔茜。