距今50多年前，一艘来自赛博坦的飞船坠落月球，由此引发了美苏两国的太空竞赛。人类争相登上月球，只为一探飞船残骸中的秘密。时间回到21世纪初，经过几番征战，汽车人终于挫败霸天虎的入侵，继而与人类合作，共同保卫美丽的地球。然而发生在切尔诺贝利的事件却将尘封已久的月球计划重新摆到桌面。为了防止霸天虎找到能量柱为非作歹，擎天柱与战友飞赴月球，更从当年的飞船中救出了汽车人的先代领导者——御天敌。御天敌是能量柱的发明者，将上百根能量柱集合在一起便可制造太空桥，实现物质的瞬间传送。忙着找工作以及和女友卡莉经营爱情的山姆

椰林镇恶霸南霸天看中了农民吴家地基建祖坟，命人晚上乔装点火烧死了吴家老小。只剩下吴家女儿吴琼花幸免于难。吴琼花立志报仇，却不幸被南霸天捉到关进土牢。南霸天贪图吴琼花的美色，逼诱吴琼花做妾，却被刚烈的吴琼花叱骂，南霸天恼羞成怒之下决定将其祭祖。带着广东省委领导密件的洪常青乔装华侨机智地骗取了南霸天的信任，偶然遇到被南霸天严刑拷打的吴琼花，用计阻止了南霸天的劣行。夜里趁机逃出土牢的吴琼花被南霸天追杀，危机时刻又一次得到了洪常青的搭救。在洪常青的指点下，她决定带着好友红莲到五指山投奔红军。

公元1066年，法王威廉一世打败萨克逊人，统治英国，利用强势铁骑及僧侣压制穷苦的萨克逊农民。经过一百多年传位于他的孙子亨利二世，但亨利二世有个挚友名叫汤姆斯是萨克逊人。汤姆斯在亨利二世接位后，被封作首相，并凭着聪明才智越过英伦海峡，不费一兵一卒便让法王割让三地。亨利二世向来与教会不合，此时正逢教主去世，为求国家安定，亨利二世毅然派汤姆斯前往接任教主职位。汤姆斯接管神职后，比做首相时更了解民间疾苦，并寻回萨克逊人的自我，引得亨利二世猜忌，借贪污之名加以陷害。汤姆斯流落他乡，苦行修身，多年后回国依然受到国人的

军方和汽车人的秘密合作计划面临被取消的危险，而重新复活的威震天和红蜘蛛引领霸天虎军队，密谋夺取能量源，企图在地球掀起又一场腥风血雨。此时主人公萨姆告别相恋的女友米凯拉，要开始自己梦寐以求的大学生活了，但一切似乎都不那么顺利，一块小小的魔方碎片似乎在给予萨姆某种启示。为了获取魔方里的信息，霸天虎开始了对萨姆的追击，擎天柱为了保护萨姆而牺牲，萨姆受其感召，决定重新担负起自己的使命。