八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿与父亲黄麒英、十四姨、徒弟梁宽、鬼脚七一行人南下番禹，欲与十三姨、猪肉荣、牙擦苏汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张云麟、张保仔等人展开连场搏杀……

黄飞鸿，十三姨和鬼脚七三人远赴美国旧金山，只因一年前牙擦苏在美国开设宝芝林至今终于扎下了脚跟。黄飞鸿于路搭救了落难的美国快枪手比利，不想他们的旅队被林中埋伏的印第安人冲散，黄飞鸿为救十三姨落入湍急河流，头部受撞击后下落不明。十三姨和鬼脚七被人救起送至宝芝林，牙擦苏得见二人大喜过望，为这华工颇受镇长欺侮的小镇生活增添了生机。比利因出众的枪法受雇为助理治安官，对华人颇有好感的比利凭一...

白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹 饰）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰 饰）、十三姨（关之琳 饰）与梁宽（莫少聪 饰）异常气愤。在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林 饰）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智未开，不惜与纳兰元述决一死战。