麦圈、可可和他们的宠物狗在旅行中，发现东海受到污染，并遭受来自海底城的威胁。主人公三人驾驶飞船闯入海底城，用智慧解开了海底城和河姆渡之间的秘密，打败了海底城主。

受众人追捧却独爱宠物狗乐乐“爱狗不爱人”的富家千金乖乖，想利用“全球名犬选美大赛”让乐乐扬名立万，请到担任本次大赛评委的知名训犬大师“狗博士”何马和宠物美容师韦加斯出马，将“屌丝狗”乐乐一番包装打造终于麻雀变凤凰，在大赛中胜出的乐乐一夜暴富身价飞涨，却不料遭到经常掉链子的两位忍者神偷坡姐和萨嘟嘟的觊觎。于是五位古灵精怪的爱狗达人赶赴异国展开一段惊险刺激的夺狗大冒险……

小智、皮卡丘、长尾怪手终于到达神奥地方。小智在打电话给大木博士的途中遇到了火箭队的突袭而同皮卡丘失散，便与长尾怪手立刻出发寻找皮卡丘的身影；另一方面，新人训练家小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练家，小光亦想成为顶尖协调训练家，于是由双叶镇出发展开路程。在其后，小智的同伴小刚归队，二人邂逅了小光。自此，三人一同结伴旅行。几经辛苦，小光终于集齐5枚缎带徽章，她在神奥华丽大型庆典表示出色，首次参加便晋级至决赛，但在决赛以稍微差距败于好友小望；小智亦集齐8枚徽章，他在神奥联盟有好开始，在第1回战打败尚志，第2回战打败

带着宠兽无限升级，觉醒系统后我成为了驯兽大师。